被羁押超过5年后，院士李宁科研经费涉贪案终于等来一审判决。2020年1月3日，吉林省松原市中级人民法院对以贪污罪判处李宁有期徒刑十二年，并处罚金人民币三百万元，对另一被告人、李宁的学生张磊以贪污罪判处有期徒刑五年八个月，并处罚金人民币二十万元。
从2014年被警方带走，李宁被羁押在看守所长达五年审而不判，使该案广受瞩目。2019年12月30日再次开庭审理时，李宁仍拒不认罪，其辩护人为其做无罪辩护。案件公开宣判后，审判长答记者问中提到，“李宁、张磊贪污一案，经过两次开庭审理，历时五年。主要是涉及刑事法律的变化、2016年两高司法解释关于犯罪数额调整以及科研经费管理制度改革等几个因素。”
“什么是君子，孔子说不忧不愁的人是君子。心中善良，公正无私，亲情好友，所以无忧无愁，也许可以称为正人，如果还能够爱国忧民，献身事业，才是我心中的君子。”2014年6月19日，星期四，李宁在电脑里敲下这段话。第二天，与研究生拍完毕业集体照后，他被吉林省长岭县检察院人员带走，从此身陷囹圄。
李宁的博士生谭秦（化名）记得，拍照时，检方的人就在旁边守着，一拍完，李宁跟实验室的老师交代了几句就上车走了，他以为此行只是配合调查，签完字便可回京。类似的调查，那两年李宁也经历过几次。2012年初，国家审计署对中国农业大学（以下简称“中国农大”）的科研经费进行审计，查出部分项目用假发票报账现象，但并未涉及李宁课题组。后来延伸审计，扩大调查范围，李宁课题组的问题才浮出水面。审计署查出李宁课题组存在870万元的科研经费违规报销问题。同年5月，课题组返还中国农大703万元。 事情没有就此打住。2013年5月，北京市检察院介入调查，但调查后未立案。李宁的妻子吴晓青告诉本刊，当时检察院给李宁的结论是属于违规，但不是犯罪。只是这一结论没有形成书面文件，后来开庭时，律师要求调取当时的记录也无果而终。根据身边人的回忆，检察院调查之后，李宁以为问题已经解决，告诉大家继续专心搞科研。在2014年1月31日的日记《马年第一篇》中，李宁曾这样写道：“2013年是人生中最困难的一年，检察院的讯问导致我个人情绪悲观、无心工作，而整个公司团队惊慌失措、人心全散。”虽没表现在明面上，但大家都看得出来，那两年的李院士，状态低落了很多。李宁头上悬着的那把利剑并未随北京市检察院的调查结束而落地。2014年5月，吉林长岭县的检察人员来到北京，最高检察院指定松原市人民检察院继续侦查李宁课题组科研经费问题，这一任务被交给了长岭县。 次日，李宁的助手张磊被长岭县公安局刑事拘留，因涉嫌犯贪污罪于5月30日被执行逮捕。1975年出生的张磊曾是李宁的博士生，毕业后留在李宁创立的北京济普霖生物技术有限公司（以下简称“济普霖”）和北京济福霖生物技术有限公司（以下简称“济福霖”）任副总经理，李宁是这两家公司的总经理。按照课题组老师与公司员工的说法，李宁只负责科研，公司的管理和财务都由张磊负责。审计署查出问题后不久，2012年2月20日，济普霖、济福霖公司做出决定，罢免了张磊副总经理的职务，降为一般工作人员。张磊曾向公司检讨道：“作为副总经理，不能认真履行职责，缺乏基本的管理知识、法律知识和财务知识，特别是对公司财务工作处置不慎、监管不严、违反纪律，给公司带来了很大的麻烦。”但正是张磊的被捕直接牵出了李宁，他在看守所做出了指向李宁的供述。2014年6月20日被带走时，李宁最引人注目的身份是中国工程院院士。院士，是我国给科学家的最高学术称号，包括中国科学院院士与中国工程院院士，这是绝大部分科研人员一辈子难以企及的高度。而李宁2007年当选为中国工程院院士时，年仅45岁，创下了中国工程院最年轻院士的纪录。
2007年李宁以45岁的年纪当选为中国工程院院士（老谦 摄/视觉中国供图）
院士称号的获得是对李宁在动物遗传领域成就的肯定。他培育出了中国第一头克隆猪、世界上最大的克隆牛群体，是世界遗传学应用与畜牧生产（WCGALP）国际委员会委员、国际动物遗传学大会（ISAG）中国委员，是在国际上享有盛誉的动物遗传学家。2017年动物生物学技术国际论坛在北京召开时，以马里奥·卡佩奇教授（2007年诺贝尔生理学或医学奖获得者，美国分子遗传学家）为首的五位国外著名科学家联名致信中国农大，对李宁的遭遇表示关切。李宁的头衔还包括中国农业大学教授、生物技术国家重点实验室主任，科技部“973”项目首席科学家和“863”计划重大专项总体专家组组长等。2008年经国务院常务会议批准，“转基因生物新品种培育科技重大专项”（以下简称“转基因重大专项”）立项，投资约200亿元，李宁担任这一业内公认“航母级”科研项目的副总工程师。也正是这些庞杂的科研项目和数目惊人的科研经费，让贪腐嫌疑一步步缠上了院士李宁。 被带去长岭县的第二天，2014年6月21日，吴晓青收到通知，李宁已被正式逮捕。他的学生们得知消息是在他被带走约两周后。生物学院召集在读的研究生们开会，领导告诉他们李老师正在配合调查，暂时不会回来，还给他们发了重选导师意向书。2015年1月，经中国工程院主席团审查确认，暂停李宁的院士资格，但案件还未宣判，根据《中国工程院院士违背科学道德行为处理办法》有关规定，李宁尚未成为首个被撤销称号的院士。直到2018年，李宁亲自带过的最后一届研究生已完成学业。那年的毕业集体照上，依然为李宁留了一个座位，只是空荡荡的椅子在周围鲜红的学位服映衬下显得有些刺目。这是李宁被带走后实验室毕业生每年例行的仪式，就像他带的学生每年毕业论文的指导导师写的还是李宁，答辩后也要打印装订好寄一份给李宁一样，他们希望通过这种方式支持李宁。李宁被逮捕后4个多月，2014年10月31日，最高人民检察院反贪污贿赂总局局长徐进辉在新闻发布会上称，中国工程院院士李宁涉嫌利用职务便利，以虚假发票和事项套取科研经费转入本人所控制公司的方式，先后涉嫌贪污公款2000余万元，已于6月被正式批捕。官方消息传出后，铺天盖地的舆论席卷过来。从院士这样的高度坠下，而且是以涉嫌贪污科研经费的名义，李宁不可避免地成为舆论追逐的对象。吴晓青向本刊回忆，那段时间外面有谣言说从她家里搜出了800多万元现金，后来又改称是500万元。她说，其实检察人员只查过存折，并无收获，也没有去家里搜查过。刚开始，她还关心网上是如何报道和评论李宁的，后来则避之不及。同事、朋友中也总有难抑好奇心的，吴晓青起初还会为李宁辩解一番，但没用，说半天换来的是解不开套的质疑——“你说你没问题，抓你干吗？”同样逻辑的怀疑也曾在吴晓青心底出现过。长岭县检察院来京调查期间，她曾当面问过李宁，是不是对她隐瞒了什么。李宁说自己问心无愧。被带去长岭后，李宁和家人的联系渠道被切断。为了丈夫的事，吴晓青上下奔走之时，心底再度怀疑——李宁是不是真的有问题？逮捕如此果断迅速，她想，检察院是不是拿到了可以定罪的铁证。吴晓青在某中直机关工作，平时也很忙，夫妻俩作息时间对不上，她晚上入睡时李宁常常还在实验室，早上出门时，李宁还在睡梦中。隔行如隔山，吴晓青对李宁的研究工作了解并不多。她说，自己也是为了李宁的案子，重新认识了丈夫投入全部的事业。 2015年8月20日和21日两天，该案一审开庭，松原市中级人民法院为审理法院。吴晓青和李宁的弟弟作为家属参加了庭审，一年多没见，被告席上的李宁憔悴消瘦了很多，头发也愈加花白。松原市人民检察院在起诉书中指控李宁伙同张磊利用其管理课题经费的职务便利，采取侵吞、骗取、虚开发票、虚列劳务支出等手段，将人民币3750多万元的结余经费非法占为己有。一、自2008年7月至2012年期间，张磊在李宁的指使下，将课题研究过程中淘汰的实验动物及牛奶出售所得款项存入个人银行卡中，累计金额约1017万元人民币；二、2008年8月，张磊向李宁请示：课题经费有结余，是否可以将这些资金套取出来，李宁表示同意，他们联系了六家公司获得虚开的发票，张磊指使财务人员从结余的科研经费中予以报销，至2011年12月，共套取课题结余科研经费约2559万元；三、2009年7月，张磊和公司财务人员向李宁请示，如何处理课题经费中结余的劳务费，李宁表示将多余的劳务费都报出来，不要上交，之后，张磊指使财务人员用提高个人劳务费额度和虚列劳务人员的方法，共计虚报劳务费支出约621万元。检察院查明，上述款项有人民币441万余元用于合理支出，其余均被被告个人使用。现已扣押人民币1905万余元，冻结人民币522万元。检方认为，李宁与张磊的行为构成了贪污罪，李宁系主犯，张磊系从犯。李宁的辩护人、北京市炜衡律师事务所的袁诚惠律师告诉本刊，根据《中华人民共和国刑法》规定，贪污是指国家工作人员利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有公共财物的行为。也就是说贪污应以非法占有为目的，而且主观上应为故意。他认为，李宁对具体经费操作事宜并不知情，作为科研协作单位的公司也从未分过红，经费仍是在相关的科研课题中使用，操作人张磊也没有贪污的主观故意，两人都应无罪。检方指控的关键证据是李宁和张磊的有罪供述和《悔过书》等材料。但在庭上，李宁完全推翻了唯一的一份认罪供述，他称自己是在多次遭受办案人员的威胁、辱骂和欺骗的情况下按照办案人员的意思做出的，办案人员对他进行侮辱、谩骂，并威胁若不配合，让他“生在南方，死在北方”，还要抓他的妻子和在美国留学的儿子。另一被告人张磊则当庭认罪，称其供述是真实的，没有遭到刑讯逼供和威胁恐吓。袁诚惠告诉本刊，张磊有 多份认罪书、悔罪书，存在许多前后矛盾的地方，律师让他在庭上任意说出一份内容，以证明是其真实供述，他以记不清为由拒绝复述。袁诚惠说，在之前的调查中，张磊对国家审计署、北京市检察机关均称李宁不知情；对吉林省检察机关也曾一再说明李宁不知情，后来才改口称受李宁指使。这些前后矛盾的供述使他们有理由质疑张磊供述的真实性。在庭上，李宁和代理律师申请对李宁的认罪书、悔罪书等材料启动非法证据排除程序。袁诚惠还告诉本刊，除了提审记录缺失，没有依法进行全程同步录音录像外，还有一些细节也可说明问题，比如关于李宁课题组有哪些组成人员，办案人员说出一个根本不存在的人物“费倩”，李宁也跟着重复“费倩”（实际为费菁），这个根本不存在的人物被记在了笔录里。李宁当庭陈述时也称，其本人根本不参与对课题经费的管理，中国农业大学农业生物技术国家重点实验室与李宁课题组的课题经费均由相关老师负责管理。律师还从李宁的手机、电脑里调出了他平时的短信、邮件、日记等材料。2012年2月22日，在张磊发给李宁的手机短信中写道：“此事我负全责……总之，我犯的错误我全承担，不会牵连领导和下级。”2013年2月10日的《蛇年第一篇》中，李宁写道：“张磊的无知和愚蠢，几乎把科研与公司拖入了无底深渊，也给我造成了很坏的影响。”“过去几年，首先是用人的错误，组织结构和关键问题没有及时梳理，特别是国家资金的管理，几乎没有过问。”2012年3月18日，李宁在发给国家审计署某领导的邮件中，为张磊辩解道：“张磊博士的动机还是想把这些钱用于科研，初衷和结果都是科研。你在检查过程中已经知道，他们没有个人的私欲，他们没有截留或挪用，他们只是想留住钱用于新一轮科研，他们完全不懂财务制度，其实合法地用好用完这些钱是可以做到的……”事实真相如何目前尚难定论，但其背后折射出的科研经费管理制度是由来已久的痼疾，李宁之所以陷入贪污之泥淖与此有密不可分的关系。事发时，中央财政拨款的科研经费管理实行的是“一年一报”，当年没有使用完的资金需要上交。制度的硬性规定与科研实践开展产生了无法调和的冲突，通常结余的年度经费上交后，新一年度的经费往往难以按时到位，中间产生了几个月的断档期，给科研工作造成困难。 李宁课题组老师王峰（化名）告诉本刊，他们课题组的经费按道理应该是1月到账，但实际上常常拖到3月甚至年中才能到账，这样一来，留给科研人员使用经费的时间往往只有几个月，“到了年底，用不完就要收回去。”而来年的头几个月又成了无米之炊。课题组需要养殖400多头克隆牛和近500头克隆猪，一年的饲养成本超过千万，经费断档了，动物不能放着不管，否则前功尽弃。这逼得科研人员不得不将结余经费腾挪到下一个阶段，或者从其他项目里挪用经费，这在科研界已是众所周知的“秘密”。课题组另一位老师方婷（化名）还记得，他们承担的“转基因重大专项”申报时，上千万经费的课题做预算的时间前后只有个把星期，非常仓促。课题以五年为一个周期，分成几十个不同的科目，每一年度要平账，每一个项目要平账，五年下来横竖相加也要平账。为了编专项的预算，课题组十几个人连轴转地熬了几天几夜才把账目算清楚。“至于说科目预算合理不合理，全是编的。当时连你这五年之内要用几瓶氯化钠、几瓶酒精、多少个试剂盒、你要提多少个DNA等等，都要预算清楚。”方婷说，这几乎是不可能的事，是违背科研规律的。
李宁团队有上百人，承担了众多国家科研项目，正是这些项目中数额巨大的科研经费将其卷入贪腐丑闻（张雷 摄）
在2015年的全国“两会”上，全国人大常委会委员、曾任中央第十巡视组组长的令狐安在接受《中国青年报》记者采访时说，科研经费的违规报销问题都属于“办法规定及制度不合理造成的‘逼良为娼’现象”。“就是我们说的正门、前门开得不够大，开得不够宽，没办法，人就开后门、邪门了。”他认为，“现在再去处理这些科学家，没有道理。”科研经费管理体制的弊端也引起了有关部门的重视。2014年3月12日，国务院发布《关于改进加强中央财政科研项目和资金管理的若干意见》，明确了结余资金使用权：当年使用不完的资金可以结转到下年，课题完成后结余资金可以由单位统一安排用于科研活动，不再回收，针对劳务费限制、跨科目的调整也进行了松绑。 然而，李宁的案子更加复杂的地方在于，检方指控的涉案金额均流入济普霖和济福霖两家公司。院士开公司，学术与生意，在许多人的观念里天然地具有某种灰色想象空间，而现实中，如何使课题经费在两者之间流进流出时合法合规，的确是不少科学家难以厘清的问题。于明（化名）曾是李宁的博士生，2002年就一边读研一边参与公司的事情。他告诉本刊，实验室的前期研究完成后，相关技术逐渐成熟，便可以通过培训技术员来进行操作，从而大规模地培育克隆动物种群。而这些工作以课题组的身份难以进行，一方面是投入巨大，科研经费难以满足资金需求，技术和管理团队的薪酬也难以通过劳务费的方式解决；另一方面，与其他公司合作时，课题组并不是明确的主体，会遇到很多法律上的问题。通过公司的形式来运作是最好的选择，在国外也是普遍的做法。早在上世纪90年代，李宁就曾参与创立过相关公司，但资方迟迟看不到商业前景，很快就把李宁团队踢出了公司。为了留住好不容易培养出的技术员队伍，2005年，李宁成立了济普霖，最初是李宁自掏腰包给员工发工资。后经人介绍，香港商人黄中石出资1500万元占股42%，任法人代表，但不参与公司的管理和运营，而李宁占股52%，中国农大所属的北京中农大地科技有限公司持股6%。2009年国家出台政策，禁止外资企业从事转基因种畜禽研发，李宁团队又重新成立了济福霖公司。袁诚惠告诉本刊，这两家公司实际上都是李宁课题组的科研协作单位，是为科研服务的平台，并不从事其他业务。李宁课题组早期也是找其他公司合作，但科研进度很难预期，很多公司中途退出的事情时有发生，导致工作中断，更严重的是，经常发生协作公司提供数据不准确的情况，甚至出现过实验动物死亡后，他们还在向课题组报观测数据，导致科研无法正常进行。后来，李宁不得已考虑自己成立公司。
庭审后，周围人都安慰吴晓青：“快了，快了。”但一晃等了好几年。2016年7月14日，最高人民检察院对外发布《关于充分发挥检察职能依法保障和促进科技创新的意见》。《意见》强调，检察机关办理科技创新有关案件时，要准确把握法律政策界限，办案中正确区分罪与非罪的界限，其中提到“要区分突破现有规章制度，按照科技创新需求使用科研经费与贪污、挪用、私分科研经费的界限”，“没有徇私舞弊、中饱私囊，或者没有造成严重后果的，不作为犯罪处理”；“对于法律和司法解释规定不明确、法律政策界限不明、罪与非罪界限不清的，不作为犯罪处理”。看到这个消息，吴晓青形容自己和大家都是欢欣鼓舞、彻夜未眠的状态。他们还托人去打听检察系统内部对这个文件的态度，得到的回复令她更觉希望就在眼前。但时间慢慢流逝，希望已然破灭。对于李宁这样处于在审状态的案件而言，几乎没有任何救济途径。判决没下来，没有上诉权利；写到各个地方的材料都被转交给信访部门，但信访部门不接受在审案件。据律师和家属称，开庭之后的3年多里，司法机关既没有进行新的补充侦查，也没有给他们其他答复。学校仍按月给李宁的工资卡里发放基本工资，每个月几千块钱，比原来要少一些，吴晓青没有问过，但推测是按原来的70%发放，如果李宁无罪释放，这几年少发的应该会补回来。这个细节也在时时提醒她，李宁是清白的，他迟早会回来。看守所不像监狱一样允许亲属探视，开庭之后，吴晓青再没能见到李宁，只能通过律师传话进去。长岭县交通不便，到了长春还要坐3个多小时汽车才能到看守所，要律师经常去会见也不现实。为了应付李宁的案子，吴晓青办理了提前退休，日子一天天过去，李宁的年岁越来越大，加上看守所条件恶劣，吴晓青现在最担心的就是他的身体能不能熬得住。被羁押的5年里，外面的世界已经发生了许多变化。李宁的实验室科研实力受到严重削弱，大量科研经费被冻结，原来的项目也几乎停滞，公司人才流失了大半。于明告诉我，李宁在时，公司有7个博士，现在只剩下3位。出事后，原来的投资人黄中石还以借款的形式给了公司500万元以维持现状，但他们费尽心力培养出的世界上最大的克隆动物种群，还是因资金不足，已经削减过半。2010年，李宁和无锡当地政府合作，为推动“人乳化牛奶”产业化成立的公司，在一切准备就绪后，因李宁被抓而陷于停顿，投资人为了尽早清算撤资，已经把李宁的公司告上了法庭。
2018年6月，中国工程院原副院长沈国舫院士致信媒体，指出李宁被羁押超过4年，法院仍未宣判，“我们很多院士都认为很是不妥”。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第202条之规定：“人民法院审理公诉案件，应当在受理后2个月以内宣判，至迟不得超过3个月。”同时规定：“因特殊情况还需要延长的，报请最高人民法院批准。”吴晓青告诉本刊，法院过一段时间就会去看守所让李宁签延期文件。“网上说是超期羁押，其实是有正规审批手续的。”她想不明白的是，“即使是案情重大复杂，但你要是不动的话，它永远重大复杂”。清华大学法学院教授、证据法研究中心主任易延友则告诉本刊，法律对超期羁押并没有一个明确的界定，尽管有一些弹性的规定，经过最高法院的批准，可以一遍又一遍地延期，但在他看来，依照法律本身的精神，超过了3个月实质上已经属于超期羁押。他解释说：“之所以要规定最长不超过3个月，就是要给被告人一个迅速审判权，这是国际上通行的一项被告人权利。”易延友说，我们的法律规定中也体现了迅速审判的精神，但它是以国家机关应该如何行使职权的方式规定，比如说检察机关要在多长期限内起诉，法院要在多长时间内判决，而没有把它明确为被告人的权利。“动用国家机器把一个人长期关押，他的生命、自由、财产、荣誉等等都处于悬而未决的状态，对他和他的家属来说都是一个巨大的折磨。”2019年12月30日，距第一次开庭过去四年后，吉林省松原市中级人民法院再次公开开庭审理中国工程院院士、中国农业大学教授李宁及张磊贪污一案。庭审中，公诉机关出示了同案被告人张磊的供述、证人证言以及用于套取科研经费的虚假合同、发票等书证，还出示了司法会计鉴定书等，李宁、张磊及辩护人进行了质证。张磊当庭表示认罪悔罪，李宁一方则做了无罪辩护。这一次没让他们没等太久，今年1月3日，法院作出一审判决：李宁获刑12年，张磊获刑5年8个月。
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